Πανίδα

 

Στο νησί διαβιούν αρκετά προστατευόμενα είδη πανίδας. Όσον αφορά τα θηλαστικά, έχουν παρατηρηθεί μικροί πληθυσμοί της μεσογειακής φώκιας Monachus monachus, που αποτελεί είδος προτεραιότητας  και σκαντζόχοιρου της ανατολικής Ευρώπης (Erinaceus concolor).Στον Άγιο Ευστράτιο έχει καταγραφεί το ασπόνδυλο Rhacocleis agiostratica, το οποίο είναι ενδημικό στο νησί και τη Λήμνο. Στο νησί διαβιούν 2 είδη ερπετών που προστατεύονται από τη συνθήκη της Βέρνης, ο ζαμενής ή βαλκανόφιδο και ο τυφλίτης ή φιδόσαυρα.

Στην περιοχή έχουν παρατηρηθεί 35 είδη πουλιών, σχεδόν όλα μεταναστευτικά, από τα οποία 9 είδη συμπεριλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Οδηγίας 79/409. Αξιοπρόσεκτα είναι το γεράκι Μαυροπετρίτης (με σημαντικούς πληθυσμούς, που αναπαράγεται μάλιστα στο νησί) και ο Phalacrocorax aristotelis desmarestii. Από τα πουλιά που φωλιάζουν και αναπαράγονται εδώ, ξεχωρίζουν ο Ασημόγλαρος, ο Θαλασσοκόρακας, το Αγριοπερίστερο, η Κουρούνα, η νησιωτική πέρδικα, η Λευκοσουσουράδα, ο Κότσυφας, το Βραχοκιρκίνεζο και η Τυπώ.Ανάμεσα στα αποδημητικά συγκαταλέγονται νερόκοτες, σταχτόχηνες, πρασινοκέφαλες πάπιες, φλαμίνγκο, κορμοράνοι, τσαλαπετεινοί, μελισσοφάγοι.Στα είδη που έχουν παρατηρηθεί να μένουν για λίγες μέρες στο νησί κατά τη διάρκεια των μεταναστεύσεων είναι η Αλκυόνη, ο Καστανολαίμης, ο Καλαμοκανάς, η Φαλαρίδα, ο Σταχτοτσικνιάς και πλήθος άλλων.Aπό άγρια θηλαστικά υπάρχουν σκαντζόχοιροι και αγριοκούνελα, τα οποία παλιότερα είχαν δημιουργήσει προβλήματα λόγω του υπερπληθυσμού τους.